eDNA along Houdong riverine zonation in Taiwan

Описание

Записи данных

Данные этого occurrence ресурса были опубликованы в виде Darwin Core Archive (DwC-A), который является стандартным форматом для обмена данными о биоразнообразии в виде набора из одной или нескольких таблиц. Основная таблица данных содержит 6 297 записей.

Также в наличии 4 таблиц с данными расширений. Записи расширений содержат дополнительную информацию об основной записи. Число записей в каждой таблице данных расширения показано ниже.

Данный экземпляр IPT архивирует данные и таким образом служит хранилищем данных. Данные и метаданные ресурсов доступны для скачивания в разделе Загрузки. В таблице версий перечислены другие версии ресурса, которые были доступны публично, что позволяет отслеживать изменения, внесенные в ресурс с течением времени.

Версии

В таблице ниже указаны только опубликованные версии ресурса, которые доступны для свободного скачивания.

Как оформить ссылку

Пожалуйста, имейте в виду, это старая версия набора данных.  Исследователи должны дать ссылку на эту работу следующим образом:

Hoh D (2023): eDNA along Houdong riverine zonation in Taiwan. v1.2. Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). Dataset/Samplingevent. https://ipt.taibif.tw/resource?r=houdongkeng_water_edna&v=1.2

Права

Исследователи должны соблюдать следующие права:

Публикующей организацией и владельцем прав на данную работу является Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

Регистрация в GBIF

Этот ресурс был зарегистрирован в GBIF, ему был присвоен следующий UUID: 2615342d-7349-4e75-ae34-cda6cb403e2e.  Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF) отвечает за публикацию этого ресурса, и зарегистрирован в GBIF как издатель данных при оподдержке Taiwan Biodiversity Information Facility.

Ключевые слова

SamplingEvent

Контакты

Daphne Hoh

• Metadata Provider ●
• Originator ●
• Point Of Contact

Postdoctoral Researcher

Taiwan Biodiversity Information Facility

TW

daphnehohzhiwei@gmail.com

http://orcid.org/0000-0002-7810-1034

Min-Chen Wang

• Point Of Contact

Postdoctoral Researcher

Institute of Cellular and Organismic Biology, Academia Sinica

TW

mcwinlab@gmail.com

http://orcid.org/0000-0003-2044-1148

Географический охват

Houdong River (猴洞坑), Jiaoxi Township, Yilan County, Taiwan

Таксономический охват

We detected eukaryotic organisms in the water samples using the cytochrome oxidase subunit 1 (COI) mitochondrial gene. A total of 2,736 operational taxonomic units (OTUs) were identified, but only 421 of these could be successfully assigned to a taxonomic group at (at least) the kingdom level.

Временной охват

Данные проекта

Описание отсутсвует

Исполнители проекта:

Daphne Hoh

• Processor

http://orcid.org/0000-0002-7810-1034

Chieh-Ping Lin

• Author

http://orcid.org/0009-0006-4210-1063

Yung-Che Tseng

• Author

http://orcid.org/0000-0001-7489-0403

Cheng-Wei Chen

• Author

http://orcid.org/0000-0001-9709-6739

John Wang

• Author

Chung-Hsin Huang

• Author

Mao-Ning Tuanmu

• Author

http://orcid.org/0000-0002-8233-2935

Min-Chen Wang

• Principal Investigator

http://orcid.org/0000-0003-2044-1148

Mark Angelo Bucay

• Author

http://orcid.org/0000-0002-8769-9592

Методы сбора

Surface water was collected from each site on the same day, and various water quality parameters were measured on site, including temperature, pH, dissolved oxygen (DO) content, turbidity, and salinity, with three replicate measurements taken for each parameter. Samples were processed at the Marine Research Station of the Institute of Cellular and Organismic Biology and the Biodiversity Research Centre at Academia Sinica in Taiwan. To prepare the samples for eDNA metabarcoding analysis, each water sample was filtered twice. The first filtration step involved using a 75 µm pore size sieve to remove larger materials, such as debris. Next, a 0.22 μm PES filter membrane with a vacuum pump was used to collect eDNA from the filtered water. Two PES filter membranes were used at each site and each membrane was used to filter 2 L of water. The filtered membranes were then placed in sterile petri dishes and stored at -80 °C until DNA extraction.

Описание этапа методики:

1. Wet lab process description: pending.
2. Dry lab process description: pending.
3. Lowest taxon level-annotation of each OTU was extracted to perform a secondary species mapping to GBIF Backbone using the rgbif package (Chamberlain et al., 2023; version 3.7.7) in R (R Core Team, 2022; version 4.2.2).
4. Open data and code: We converted the occurrence data into Darwin Core Archive standard and validated data in both event and occurrence data sheets using the Data Validator developed by GBIF (Global Biodiversity Information Facility, 2017). We then published the dataset containing one event core and four extensions: occurrence, DNA derived data, extended measurement or facts, and resource relationship using The Integrated Publishing Toolkit (IPT) of GBIF installed under the Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). DNA sequence data was submitted to European Nucleotide Archive under project accession PRJEB60905. All source codes used in the project can be found in the project GitHub repository (tbc link).

Библиографические ссылки

1. European Nucleotide Archive EMBL-EBI Project. https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB60905
2. Chamberlain S, Barve V, Mcglinn D, Oldoni D, Desmet P, Geffert L, Ram K (2023). rgbif: Interface to the Global Biodiversity Information Facility API. R package version 3.7.7. https://CRAN.R-project.org/package=rgbif
3. R Core Team (2022). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. https://www.R-project.org/

Дополнительные метаданные