eDNA along Houdong riverine zonation in Taiwan

Descripción

Registros

Los datos en este recurso de registros biológicos han sido publicados como Archivo Darwin Core(DwC-A), el cual es un formato estándar para compartir datos de biodiversidad como un conjunto de una o más tablas de datos. La tabla de datos del core contiene 6.297 registros.

también existen 4 tablas de datos de extensiones. Un registro en una extensión provee información adicional sobre un registro en el core. El número de registros en cada tabla de datos de la extensión se ilustra a continuación.

Este IPT archiva los datos y, por lo tanto, sirve como repositorio de datos. Los datos y los metadatos del recurso están disponibles para su descarga en la sección descargas. La tabla versiones enumera otras versiones del recurso que se han puesto a disposición del público y permite seguir los cambios realizados en el recurso a lo largo del tiempo.

Versiones

La siguiente tabla muestra sólo las versiones publicadas del recurso que son de acceso público.

¿Cómo referenciar?

Por favor, tenga en cuenta que ésta es una versión antigua del conjunto de datos.  Los usuarios deben citar este trabajo de la siguiente manera:

Hoh D (2023): eDNA along Houdong riverine zonation in Taiwan. v1.2. Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). Dataset/Samplingevent. https://ipt.taibif.tw/resource?r=houdongkeng_water_edna&v=1.2

Derechos

Los usuarios deben respetar los siguientes derechos de uso:

El publicador y propietario de los derechos de este trabajo es Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). Este trabajo está autorizado bajo una Licencia Creative Commons Atribución/Reconocimiento 4.0 Internacional (CC-BY) 4.0.

Registro GBIF

Este recurso ha sido registrado en GBIF con el siguiente UUID: 2615342d-7349-4e75-ae34-cda6cb403e2e.  Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF) publica este recurso y está registrado en GBIF como un publicador de datos avalado por Taiwan Biodiversity Information Facility.

Palabras clave

SamplingEvent

Contactos

Daphne Hoh

• Proveedor De Los Metadatos ●
• Originador ●
• Punto De Contacto

Postdoctoral Researcher

Taiwan Biodiversity Information Facility

TW

daphnehohzhiwei@gmail.com

http://orcid.org/0000-0002-7810-1034

Min-Chen Wang

• Punto De Contacto

Postdoctoral Researcher

Institute of Cellular and Organismic Biology, Academia Sinica

TW

mcwinlab@gmail.com

http://orcid.org/0000-0003-2044-1148

Cobertura geográfica

Houdong River (猴洞坑), Jiaoxi Township, Yilan County, Taiwan

Cobertura taxonómica

We detected eukaryotic organisms in the water samples using the cytochrome oxidase subunit 1 (COI) mitochondrial gene. A total of 2,736 operational taxonomic units (OTUs) were identified, but only 421 of these could be successfully assigned to a taxonomic group at (at least) the kingdom level.

Cobertura temporal

Datos del proyecto

No hay descripción disponible

Personas asociadas al proyecto:

Daphne Hoh

• Procesador

http://orcid.org/0000-0002-7810-1034

Chieh-Ping Lin

• Autor

http://orcid.org/0009-0006-4210-1063

Yung-Che Tseng

• Autor

http://orcid.org/0000-0001-7489-0403

Cheng-Wei Chen

• Autor

http://orcid.org/0000-0001-9709-6739

John Wang

• Autor

Chung-Hsin Huang

• Autor

Mao-Ning Tuanmu

• Autor

http://orcid.org/0000-0002-8233-2935

Min-Chen Wang

• Investigador Principal

http://orcid.org/0000-0003-2044-1148

Mark Angelo Bucay

• Autor

http://orcid.org/0000-0002-8769-9592

Métodos de muestreo

Surface water was collected from each site on the same day, and various water quality parameters were measured on site, including temperature, pH, dissolved oxygen (DO) content, turbidity, and salinity, with three replicate measurements taken for each parameter. Samples were processed at the Marine Research Station of the Institute of Cellular and Organismic Biology and the Biodiversity Research Centre at Academia Sinica in Taiwan. To prepare the samples for eDNA metabarcoding analysis, each water sample was filtered twice. The first filtration step involved using a 75 µm pore size sieve to remove larger materials, such as debris. Next, a 0.22 μm PES filter membrane with a vacuum pump was used to collect eDNA from the filtered water. Two PES filter membranes were used at each site and each membrane was used to filter 2 L of water. The filtered membranes were then placed in sterile petri dishes and stored at -80 °C until DNA extraction.

Descripción de la metodología paso a paso:

1. Wet lab process description: pending.
2. Dry lab process description: pending.
3. Lowest taxon level-annotation of each OTU was extracted to perform a secondary species mapping to GBIF Backbone using the rgbif package (Chamberlain et al., 2023; version 3.7.7) in R (R Core Team, 2022; version 4.2.2).
4. Open data and code: We converted the occurrence data into Darwin Core Archive standard and validated data in both event and occurrence data sheets using the Data Validator developed by GBIF (Global Biodiversity Information Facility, 2017). We then published the dataset containing one event core and four extensions: occurrence, DNA derived data, extended measurement or facts, and resource relationship using The Integrated Publishing Toolkit (IPT) of GBIF installed under the Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). DNA sequence data was submitted to European Nucleotide Archive under project accession PRJEB60905. All source codes used in the project can be found in the project GitHub repository (tbc link).

Referencias bibliográficas

1. European Nucleotide Archive EMBL-EBI Project. https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB60905
2. Chamberlain S, Barve V, Mcglinn D, Oldoni D, Desmet P, Geffert L, Ram K (2023). rgbif: Interface to the Global Biodiversity Information Facility API. R package version 3.7.7. https://CRAN.R-project.org/package=rgbif
3. R Core Team (2022). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. https://www.R-project.org/

Metadatos adicionales