eDNA along Houdong riverine zonation in Taiwan

説明

データ レコード

この オカレンス（観察データと標本) リソース内のデータは、1 つまたは複数のデータ テーブルとして生物多様性データを共有するための標準化された形式であるダーウィン コア アーカイブ (DwC-A) として公開されています。 コア データ テーブルには、6,297 レコードが含まれています。

拡張データ テーブルは4 件存在しています。拡張レコードは、コアのレコードについての追加情報を提供するものです。 各拡張データ テーブル内のレコード数を以下に示します。

この IPT はデータをアーカイブし、データ リポジトリとして機能します。データとリソースのメタデータは、 ダウンロード セクションからダウンロードできます。 バージョン テーブルから公開可能な他のバージョンを閲覧でき、リソースに加えられた変更を知ることができます。

バージョン

次の表は、公にアクセス可能な公開バージョンのリソースのみ表示しています。

引用方法

注意してください、これは、古いバージョンのデータセットです。  研究者はこの研究内容を以下のように引用する必要があります。:

Hoh D (2023): eDNA along Houdong riverine zonation in Taiwan. v1.2. Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). Dataset/Samplingevent. https://ipt.taibif.tw/resource?r=houdongkeng_water_edna&v=1.2

権利

研究者は権利に関する下記ステートメントを尊重する必要があります。:

パブリッシャーとライセンス保持者権利者は Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF)。 This work is licensed under a Creative Commons Attribution (CC-BY) 4.0 License.

GBIF登録

このリソースをはGBIF と登録されており GBIF UUID: 2615342d-7349-4e75-ae34-cda6cb403e2eが割り当てられています。   Taiwan Biodiversity Information Facility によって承認されたデータ パブリッシャーとして GBIF に登録されているTaiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF) が、このリソースをパブリッシュしました。

キーワード

SamplingEvent

連絡先

Daphne Hoh

• メタデータ提供者 ●
• 最初のデータ採集者 ●
• 連絡先

Postdoctoral Researcher

Taiwan Biodiversity Information Facility

TW

daphnehohzhiwei@gmail.com

http://orcid.org/0000-0002-7810-1034

Min-Chen Wang

• 連絡先

Postdoctoral Researcher

Institute of Cellular and Organismic Biology, Academia Sinica

TW

mcwinlab@gmail.com

http://orcid.org/0000-0003-2044-1148

地理的範囲

Houdong River (猴洞坑), Jiaoxi Township, Yilan County, Taiwan

生物分類学的範囲

We detected eukaryotic organisms in the water samples using the cytochrome oxidase subunit 1 (COI) mitochondrial gene. A total of 2,736 operational taxonomic units (OTUs) were identified, but only 421 of these could be successfully assigned to a taxonomic group at (at least) the kingdom level.

時間的範囲

プロジェクトデータ

説明がありません

プロジェクトに携わる要員:

Daphne Hoh

• データ処理者

http://orcid.org/0000-0002-7810-1034

Chieh-Ping Lin

• 論文著者

http://orcid.org/0009-0006-4210-1063

Yung-Che Tseng

• 論文著者

http://orcid.org/0000-0001-7489-0403

Cheng-Wei Chen

• 論文著者

http://orcid.org/0000-0001-9709-6739

John Wang

• 論文著者

Chung-Hsin Huang

• 論文著者

Mao-Ning Tuanmu

• 論文著者

http://orcid.org/0000-0002-8233-2935

Min-Chen Wang

• 研究代表者

http://orcid.org/0000-0003-2044-1148

Mark Angelo Bucay

• 論文著者

http://orcid.org/0000-0002-8769-9592

収集方法

Surface water was collected from each site on the same day, and various water quality parameters were measured on site, including temperature, pH, dissolved oxygen (DO) content, turbidity, and salinity, with three replicate measurements taken for each parameter. Samples were processed at the Marine Research Station of the Institute of Cellular and Organismic Biology and the Biodiversity Research Centre at Academia Sinica in Taiwan. To prepare the samples for eDNA metabarcoding analysis, each water sample was filtered twice. The first filtration step involved using a 75 µm pore size sieve to remove larger materials, such as debris. Next, a 0.22 μm PES filter membrane with a vacuum pump was used to collect eDNA from the filtered water. Two PES filter membranes were used at each site and each membrane was used to filter 2 L of water. The filtered membranes were then placed in sterile petri dishes and stored at -80 °C until DNA extraction.

Method step description:

1. Wet lab process description: pending.
2. Dry lab process description: pending.
3. Lowest taxon level-annotation of each OTU was extracted to perform a secondary species mapping to GBIF Backbone using the rgbif package (Chamberlain et al., 2023; version 3.7.7) in R (R Core Team, 2022; version 4.2.2).
4. Open data and code: We converted the occurrence data into Darwin Core Archive standard and validated data in both event and occurrence data sheets using the Data Validator developed by GBIF (Global Biodiversity Information Facility, 2017). We then published the dataset containing one event core and four extensions: occurrence, DNA derived data, extended measurement or facts, and resource relationship using The Integrated Publishing Toolkit (IPT) of GBIF installed under the Taiwan Biodiversity Information Facility (TaiBIF). DNA sequence data was submitted to European Nucleotide Archive under project accession PRJEB60905. All source codes used in the project can be found in the project GitHub repository (tbc link).

書誌情報の引用

1. European Nucleotide Archive EMBL-EBI Project. https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/view/PRJEB60905
2. Chamberlain S, Barve V, Mcglinn D, Oldoni D, Desmet P, Geffert L, Ram K (2023). rgbif: Interface to the Global Biodiversity Information Facility API. R package version 3.7.7. https://CRAN.R-project.org/package=rgbif
3. R Core Team (2022). R: A language and environment for statistical computing. R Foundation for Statistical Computing, Vienna, Austria. https://www.R-project.org/

追加のメタデータ